Kas yra baltymų duomenų banko (PDB) failas? Kaip jį atidaryti ir peržiūrėti sistemoje „Windows 11“?

Baltymų duomenų banko (PDB) failas yra failo formatas, naudojamas trimačiams biologiniams duomenims saugoti. PDB failai dažniausiai naudojami duomenims apie baltymus, nukleino rūgštis ir kitas biomolekules saugoti. PDB failus galima peržiūrėti įvairiais būdais, įskaitant programinę įrangą, tokią kaip PyMOL ir VMD. „Windows 11“ PDB failą galite atidaryti apsilankę „File Explorer“, spustelėję skirtuką „View“ ir pasirinkę parinktį rodyti paslėptus failus ir aplankus. Kai tai padarysite, turėtumėte rasti PDB failą, kurį norite peržiūrėti. PDB failai yra svarbi priemonė mokslininkams, dirbantiems su biomolekulėmis, nes jie leidžia vizualizuoti ir analizuoti duomenis trimis aspektais. Taigi supratimas, kaip atidaryti ir peržiūrėti PDB failus, yra svarbus įgūdis kiekvienam, dirbančiam bioinformatikos ar skaičiavimo biologijos srityje.

Baltymų duomenų banko (PBP) failai yra trimačiai molekuliniai failai, kuriuose saugomos molekulinės struktūros. Dabar, jei jums įdomu, kaip atidaryti tokius failus kompiuteryje, šis įrašas jus sudomins. Čia mes išsamiai aptarsime PDB failus ir kaip tokius failus peržiūrėti „Windows 11/10“. Taigi, daugiau negalvodami, patikrinkime!

Kas yra baltymų duomenų banko (PDB) failas?

Baltymų duomenų bankas (PDB) yra 3D struktūrinių baltymų, nukleorūgščių ir kitų didelių molekulių duomenų duomenų bazė. Failas iš BVP Failo plėtinys iš esmės yra failas, kuriame yra duomenų, susijusių su 3D biologinės molekulės struktūra. Duomenys apima atomines koordinates, atomines struktūras, atomų ryšį, baltymų struktūrą, nukleorūgščių struktūrą ir kt. Jame taip pat yra eksperimentinių metaduomenų.

Šis failo formatas plačiai naudojamas bioinformatikoje baltymų koordinatėms keistis. Jame yra tūkstančiai eilučių, apibūdinančių baltymo struktūrą. Dabar, jei norite skaityti ar peržiūrėti PDB failus „Windows“ asmeniniame kompiuteryje, turite naudoti tam skirtą trečiosios šalies įrankį, nes tam nėra vietinės programos. Šiame įraše aptarsime įvairius būdus, kaip peržiūrėti PDB failą „Windows 11/10“.

Kaip peržiūrėti baltymų duomenų banko (PDB) failą sistemoje „Windows 11“?

Yra du būdai, kaip peržiūrėti baltymų duomenų banko (PDB) failą sistemoje „Windows 11/10“, būtent:

1. Norėdami peržiūrėti PDB failus, naudokite nemokamą programinę įrangą.
2. Išbandykite nemokamą internetinį įrankį PBP failams skaityti.

1] PDB failams peržiūrėti naudokite nemokamą programinę įrangą.

Galite naudoti trečiosios šalies Windows programinę įrangą, kuri leidžia atidaryti ir peržiūrėti PDB failus. Yra keletas nemokamų darbalaukio programų, skirtų „Windows“, kurias galite išbandyti. Štai keletas gerų, kuriuos galite naudoti:

• IQmol
• Swiss-PdbViewer
• Cumol
• Molekulė
• RasMol

A] IKmol

„IQmol“ yra nemokama atvirojo kodo molekulinė rengyklė ir vizualizavimo programinė įranga, skirta „Windows 11/10“. Naudodami jį galite peržiūrėti PDB ir įvairius kitus 3D molekulių failus, tokius kaip MOL, SMI, CUBE, XYZ ir kt. Šioje programinėje įrangoje rasite visus svarbius molekulinės vizualizacijos įrankius. Šios priemonės yra nuo pagrindinių iki pažangių. Be PDB failo peržiūros, taip pat galite redaguoti molekulinę struktūrą.

Tai leidžia vienu metu atidaryti kelis PBP failus ir peržiūrėti juos visus vienu metu. Modelio peržiūros skydelyje galite įjungti arba išjungti vieno ar kelių PDB failų atvaizdavimą.

Pagrindinės IQmol savybės:

Šios nemokamos ir atvirojo kodo PDB failų peržiūros priemonės, kurias galite peržiūrėti, funkcijos yra šios:

• Galite rasti visus standartinius failų naršymo įrankius, įskaitant priartinimą / mastelį (su pelės ratuku), slinkimą, pasukimą, viso ekrano režimą, rodinio atstatymą, ašių rodymą ir kt.
• Tai leidžia pritaikyti modelio išvaizdą redaguojant tokius parametrus kaip šešėlis, aplinkos šviesa, difuzija, rūko stiprumas, paryškinimai, triukšmo intensyvumas, POV-Ray parametrai ir kt.
• Taip pat galite pridėti atomines etiketes, tokias kaip atomo masė, dalinis krūvis, BMR, sukimosi tankis ir kt.
• Tai leidžia tinkinti fotoaparato nustatymus pagal savo skonį. Galite reguliuoti fotoaparato projekciją, padėtį ir kt.
• turėti patogų Automatinis sukimasis funkcija, leidžianti automatiškai pasukti molekulinį modelį.
• Galite išsaugoti esamą baltymų struktūros vaizdą vaizdo formatu, pvz., PNG, PPM, BMP, JPG, PS, EPS ir kt.
• Tai taip pat leidžia konvertuoti PDB į kitus molekulinius failus naudojant funkciją „Išsaugoti kaip“. Palaikomi išvesties formatai: XYZ, MOL, MOL2, CML ir kt.
• Taip pat galite jį naudoti Skaičiavimas funkcijos skaičiuoti molekulinės struktūros energija, jėgos, PES skenavimas, pereinamoji būsena, cheminiai poslinkiai, geometrija, skilimo energija, BSSE korekcija, ir taip toliau.

Be peržiūros funkcijų, gausite specialų Build meniu su molekulinės konstrukcijos funkcijų rinkiniu. Šios funkcijos apima naujų atomų pridėjimą, naujų molekulių įterpimą, struktūros sumažinimą, izotopų nustatymą ir kt.

Tai tikrai gera molekulinio modeliavimo programinė įranga, su kuria galite vizualizuoti Protein Data Bank failus savo kompiuteryje. Jei jums patinka, atsisiųskite iš čia .

Matyti: Chem4Word yra chemijos priedas, skirtas Microsoft Word. .

B] Swiss-PdbViewer

„Swiss-PdbViewer“ yra speciali nemokama PDB failų peržiūros programa, skirta „Windows 11/10“. Tai leidžia vizualizuoti ir analizuoti kelias baltymų struktūras vienu metu. Galite analizuoti PBP faile esančią baltymų struktūrą, DNR struktūrą ir kt. Be PDB failo, jis taip pat leidžia atidaryti ir peržiūrėti MOL ir MMCIF failus.

Kai atidarote PBP failą, sąsajoje kartu su valdymo skydelio langu rodomas 3D vaizdas. Valdymo skydelyje yra bendra informacija, sąrašas ir failo pavadinimas. Struktūrą galite lengvai perkelti, pasukti, priartinti/nutolinti ir pan.

Be to, pagal jūsų pageidavimus galite rodyti arba paslėpti taško paviršių, pagrindą, vandenilinius ryšius, jėgos vektorius ir kt. Taip pat galite paryškinti skirtingas dalis skirtingomis spalvų schemomis, kad geriau išanalizuoti struktūrą. Be to, galite naudoti rodymo funkcijas, tokias kaip Render in Solid 3D, Render POV, Display Labels ir kt.

Be vizualizavimo įrankių, taip pat gausite daug molekulinio modeliavimo funkcijų. Be to, jame taip pat yra energijos skaičiavimas, H-jungties skaičiavimas, domenų analizė, domenų aptikimas, 3D motyvų kūrimas, kristalografinės simetrijos kūrimo ir kitos priemonės.

Galite atsisiųsti iš Oficiali svetainė .

Skaityti: Geriausia nemokama galios analizės programinė įranga, skirta „Windows 11/10“.

C] QMol

Cumol yra dar viena nemokama PBP peržiūros priemonė, skirta „Windows 11/10“. Tai makromolekulinės struktūros vizualizacijos įrankis, su kuriuo galite peržiūrėti PDB failus. Kiti failai, kuriuos galite atidaryti ir peržiūrėti, yra DX, MAP, MTZ, CNS ir kt.

Tai leidžia jums perjungti perspektyvinį ir ortografinį vaizdą, pasukti modelį, priartinti / sumažinti ir tt Modelį galite pateikti naudodami POV-Ray ir jo animacijos atvaizdavimo metodus. Pateikta struktūra gali būti išsaugota PNG formatu. Taip pat yra matavimo įrankis, leidžiantis išmatuoti atstumą, kampą ir modelio posūkį.

Taip pat galite rasti papildomų įrankių, skirtų toliau analizuoti baltymų struktūrą. Šios priemonės apima Molekulinė superpozicija, Mol paviršiaus pjaustytuvas, Mol paviršiaus generavimas, Mol jungčių redaktorius, sąveikos analizė, Mol morfo animacija, ir taip toliau.

Tai gera programinė įranga, skirta vizualizuoti ir analizuoti PDB failuose esančią baltymų struktūrą.

Matyti: .LIT parinktis # Kaip konvertuoti LIT į EPUB arba MOBI sistemoje Windows?

kad langai atrodytų kaip „mac“

D] Molekulės

Kita PBP peržiūros programinė įranga šiame sąraše yra Molekel. Tai gana sena, bet galinga molekulinės vizualizacijos programinė įranga, leidžianti atidaryti ir peržiūrėti PDB failus. Galite rasti daugybę molekulinės vizualizacijos ir analizės įrankių, leidžiančių analizuoti baltymų struktūras.

Tai leidžia tinkinti molekulių, atomų, jungčių, likučių ir kt. rodymą. Kiekvienam iš jų galite pasirinkti skirtingus rodymo tipus, pvz., „Ball & Stick“, CPK, pusrutulis, „SoSphere“, „Full Sphere“, „Cilinder“, „SoCylinder“, „Semicylinder“, Viela, lazdelė, linijinė juosta ir tt Be to, galite reguliuoti 3D rodinio savybes, rodyti / slėpti ribojančius langelius, naudoti šešėlius ir tt Tai leidžia peržiūrėti PDB failą keičiant paviršiaus elektronų tankį. struktūrą ir pridedant prie struktūros paviršiaus, skirto tirpikliui.

tu gali rasti Animacija funkcija jame atkurti molekulės struktūros animaciją. Jame taip pat yra specialus „Analizė“ meniu su atitinkamais įrankiais. Naudodami analizės įrankius galite nustatyti struktūros tinklelio duomenis, sukimosi tankį, molekulinį elektrostatinį potencialą, emisijos spektrą, atstumą, kampą ir kt.

Tai taip pat leidžia konvertuoti PDB failus į įvairius failų formatus. Šie formatai yra PDF, PS, EPS ir vaizdas. Jei jums patinka, galite jį gauti Čia .

Skaityti: „Complete Anatomy App“ yra vertas atsisiuntimo, skirto „Windows“. .

E] Rasmolis

Taip pat galite naudoti RasMol norėdami peržiūrėti PDB failus sistemoje Windows 11/10. Tai nemokama atvirojo kodo programinė įranga, leidžianti vizualizuoti ir analizuoti molekulines struktūras. Tai taip pat palaiko kitų failų, tokių kaip MOL, XYZ, CIF, MOPAC ir kt., atidarymą ir peržiūrą.

Tai leidžia jums peržiūrėti struktūrą kaip rėmą, metmenis, strypus, juosteles, sruogas ir tt Taip pat galite paryškinti skirtingas konstrukcijos dalis skirtingomis spalvomis. Tai taip pat leidžia pagal jūsų pageidavimus rodyti arba slėpti vandenilio atomus, heteroatomus, šešėlius, etiketes ir kt. Taip pat galite išmatuoti atstumą, sukimą, kampą ir kitas konstrukcijos vertes.

Ši programinė įranga yra prieinama Čia .

Matyti: Geriausia nemokama 3D žmogaus anatomijos programinė įranga, skirta „Windows“.

2] Išbandykite nemokamą internetinį įrankį PBP failams skaityti.

Taip pat galite naudoti nemokamą internetinį įrankį PDB failams atidaryti ir peržiūrėti. Viskas, ką jums reikia padaryti, tai atidaryti svetainę žiniatinklio naršyklėje ir atsisiųsti PDB failą, kad jį peržiūrėtumėte. Štai keletas gerų nemokamų internetinių PDB peržiūros priemonių, kurias galite išbandyti:

• RCSB PBP
• Molsoft

A] RCSB PBP

išimtis nežinoma programinės įrangos išimtis

Norėdami vizualizuoti baltymų duomenų banko failus, galite naudoti šį nemokamą internetinį įrankį, vadinamą RCSB PDB. Tai leidžia importuoti PDB failą ir tada vizualizuoti bei analizuoti jo molekulinę struktūrą.

Galite rasti kai kurias pagrindines vizualizacijos funkcijas, pvz., mastelio keitimą, pasukimą, išplėstinio prievado rodinio perjungimą, fotoaparato nustatymą iš naujo, pasirinkimo režimo perjungimą ir kt. Taip pat galite reguliuoti kai kuriuos nustatymus arba valdymo parinktis, pvz., fotoaparato režimą (perspektyvą arba ortografinį), fono spalvą, įjungtą. /išjungta. išjungti okliuziją, įjungti / išjungti rūką, kirpimą, vietą ir kt.

Jis ateina su Animuoti funkcija. Naudodami tai galite automatiškai pasukti baltymų struktūrą. Su juo galite reguliuoti sukimosi greitį ir kampą. Taip pat gausite dedikuotą Matavimas įrankis jame. Naudodami šį įrankį galite sužinoti kelias reikšmes, tokias kaip atstumas, orientacija, kampas ir kt.

Be šių funkcijų, yra keletas kitų patogių įrankių: struktūros motyvų paieška, komponentų pridėjimas, animacijos eksportavimas, geometrijos eksportas (STL, OBJ ir kt.) ir modelio eksportavimas.

Apskritai, tai tikrai gera nemokama internetinė PDB peržiūros priemonė su puikiu vizualizacijos įrankių rinkiniu. Galite pabandyti Čia .

B] Molsoft

„Molsoft“ yra dar vienas internetinis įrankis, kurį galima naudoti PBP struktūroms vizualizuoti. Tai paprasta PDB failų peržiūros programa su pagrindinėmis funkcijomis. Pirmiausia atidarykite Interneto svetainė ir spustelėkite trijų juostų meniu parinktį. Po to pasirinkite parinktį „Atidaryti“, kad importuotumėte vietoje išsaugotą PDB failą arba įkeltumėte failą iš „Google“ disko. Pasirinkus failą, peržiūros priemonėje bus parodyta molekulinė struktūra.

Norėdami vizualizuoti struktūrą, galite naudoti skirtingus peržiūros režimus. Šie vaizdai apima vielinį rėmą, kreatino fosfokinazę (CPK), rutulį ir strypą, juostelę ir kt. Galite lengvai perjungti šiuos peržiūros režimus, kad atitiktumėte savo poreikius. Be to, tai leidžia įjungti arba išjungti atomų etiketes, likučių etiketes, vandenilio ryšius ir vietas, kad geriau suprastumėte struktūrą.

Taip pat pateikiami matavimo įrankiai. Modelyje galite išmatuoti atstumą, plokščią kampą ir posūkio kampą. Be to, galima naudotis patogia spalva pagal funkciją, kuri leidžia spalvinti struktūrą pagal atomo tipą, grandinę, lygiavimą, antrinę struktūrą ir kt.

Tai dar viena gera internetinė PDB failų peržiūros priemonė, kurią galite išbandyti nemokamai.

Kaip atsisiųsti PDB failą iš baltymų duomenų banko?

Norėdami atsisiųsti PDB failą iš Baltymų duomenų banko, galite apsilankyti Baltymų duomenų banko svetainėje, įvesti ir ieškoti baltymo ar makromolekulės pavadinimo, pvz., žmogaus hemoglobino, chitinazės ir kt. Tada pasirinkite failą iš paieškos rezultatų ir naudokite atsisiuntimo parinktį, kad atsisiųstumėte PDB failą. Kaip paprasta.

Kaip peržiūrėti PBP struktūras?

PBP molekulines struktūras galima peržiūrėti naudojant tam skirtą internetinį įrankį arba programinę įrangą. Galite išbandyti nemokamą programinę įrangą, pvz., IQmol, Swiss-PdbViewer ir CueMol, norėdami vizualizuoti ir analizuoti PBP struktūras savo kompiuteryje. Jei norite naudoti internetinį įrankį, yra daug galimybių. Pavyzdžiui, išbandykite žiniatinklio paslaugas, tokias kaip RCSB PDB ir Molsoft. Tai nemokamos internetinės PBP failų peržiūros priemonės, kuriose pateikiami pažangūs molekulinės vizualizacijos ir analizės įrankiai.

Kaip konvertuoti PDB failą į PDF?

Norėdami konvertuoti PDB failą į PDF, galite naudoti šią nemokamą darbalaukio programą, vadinamą Molekel. Jame yra speciali parinktis „Išsaugoti PDF“, leidžianti konvertuoti PDB failą į PDF formatą. Galite atidaryti PBP failą ir spustelėti „Failas“ > „Išsaugoti į PDF“, kad PDB konvertuotumėte į PDF. Šiame įraše mes išsamiai aptarėme šią programinę įrangą, patikrinkite ją aukščiau.

Tai viskas.

Dabar skaitykite: Geriausia nemokama molekulinio modeliavimo programinė įranga, skirta „Windows“.